Das Museum der Stadt Brünn wurde 1904 gegründet. Der erste Standort befand sich auf dem Gelände des heutigen Neuen Rathauses (Nová radnice). Das Museum führt das Erbe des bedeutenden Brünner Bürgers Heinrich Gomperz fort, der seine Sammlungen dem Museum schenkte. 1935 wurde das Stadtmuseum auf den Šilingrovo-Platz (das heutige Hotel Barceló), in den sogenannten Stadtgerichtshof, verlegt.
Ein wichtiger Wendepunkt kam mit dem Jahr 1960, als das Museum auf die Burg Spielberg verlegt wurde, was seine zukünftige Entwicklung, seinen Charakter und sein Aussehen maßgeblich beeinflusste. Im Jahr 1962 wurde die Burg zum nationalen Kulturdenkmal erklärt.
Pátrací hra Poznejte Špilberk vznikla v Muzeu města Brna s podporou Ministerstva kultury České republiky v roce 2022.