Музей города Брно был основан в 1904 году. Первое помещение находилось в здании теперешней Новой ратуши (Nová radnice). Музей продолжает наследие видного брненского горожанина Генриха Гомперца, который передал в дар музею свои коллекции. В 1935 году Музей города был перенесен на Шилингрову площадь, в т. н. Городской двор (сейчас здесь находится отель «Барсело»).
Переломный момент наступил в 1960 году, когда музей был перенесен в замок Шпильберк, что существенно повлияло на его дальнейшее развитие, характер и вид. В 1962 году замок был объявлен Национальным памятником культуры.
Pátrací hra Poznejte Špilberk vznikla v Muzeu města Brna s podporou Ministerstva kultury České republiky v roce 2022.